Sekolah Nusantara pertama kali membuka penerimaan Siswa baru pada tahun 2002, tetapi dikarenakan kurangnya peminat (kuota dibawah 20 siswa) sehingga ditunda untuk proses penerimaan siswa barunya, setahun kemudian tepatnya ditahun 2003 SMK NUSANTARA kembali membuka penerimaan siswa baru dan peminat sudah sesuai kuota (berkisar 70an calon siswa baru) untuk 2 (dua) jurusan yaitu Teknik Kendaraan Ringan dan Teknik Elektronika Industri. Pada saat itu SMK NUSANTARA masih menginduk di SMKN 1 Probolinggo.

Pada tahun 2006 SMK NUSANTARA pertama kalinya terakreditasi dengan peringkat B untuk jurusan TKR dan TEI dengan harapan sekolah bisa mandiri baik dari kegiatan Belajar Mengajar, pengelolaan, pelayanan dan penilaian serta agar meningkatnya kualitas dan kuantitas SMK SMK NUSANTARA.

Seiring perkembangan jaman dan pendidikan tingkat menengah serta untuk memenuhi permintaan masyarakat serta kebutuhan Dunia Kerja, sehingga di tahun 2007 SMK NUSANTARA membuka jurusan baru yaitu Teknik Komputer dan Jaringan tapi tidak sesuai harapan Sekolah ternyata jurusan TKJ tidak begitu banyak peminat ( kuota dibawah 20 siswa) yang pada akhirnya siswa yang mengambil jurusan Teknik Komputer dan Jaringan di alihkan ke Teknik Elektronika Industri.