Perlawanan terhadap VOC tidak hanya dilaksanakan oleh rakyat, namun juga para petinggi kerajaan di Nusantara. Raden Mas Said dan Pangeran Mangkubumi adalah keturunan dari raja Mataram yang melawan kesewenang-wenangan VOC di kawasan Mataram. Kedua tokoh tersebut merupakan keturunan dari Amangkurat IV yang memerintah Mataram 1719-1726. Raden Mas Said adalah cucu dari Amangkurat IV dan Pangeran Mangkubumi merupakan putra keduanya. Baca juga: Perang Melawan Kolonialisme Dan Imperialisme: Orang-Orang Cina Berontak Melawan VOC Latar belakang perlawanan Raden Mas Said dan Pangeran Mangkubumi Dalam Sejarah Indonesia Modern 1200-2004 (1981) karya M.C Ricklefs, perlawanan yang dilakukan oleh Raden Mas Said dan Pangeran Mangkubumi dilatarbelakangi oleh : 1. Intervensi dan campur tangan VOC terhadap urusan internal keraton Mataram 2. Sikap Pakubuwono II yang sewenang-wenang terhadap bangsawan Mataram dan tunduk terhadap VOC 3. Keinginan Raden Mas Said dan Pangeran Mangkubumi untuk mengambil hak atas kekuasaan beberapa daerah Mataram Jalannya perlawanan Raden Mas Said dan Pangeran Mangkubumi Raden Mas Said adalah putra dari Arya Mangkunegara yang merupakan adik dari Pakubuwono II. Pada umur remaja, Raden Mas Said resah karena karena sikap Pakubuwono II yang menempatkannya sebagai Gandhek Anom (Bangsawan Rendahan) di Mataram. Padahal seharusnya ia mendapat kedudukan sebagai Pangeran Sentana. Raden Mas Said memutuskan keluar dari istana dan melakukan pemberontakan di berbagai daerah Mataram bersama para bangsawan yang merasa kecewa dengan pemerintahan Pakubuwono II seperti Sutawijaya dan Suradiwangsa. Baca juga: Perang Melawan Kolonialisme Dan Imperialisme: Rakyat Riau Angkat Senjata Pemberontakan yang dilakukan oleh RM Said dan pasukannya sangat meresahkan Pakubuwono II, sehingga ia membuat sayembara untuk mengatasi pemberontakan tersebut. Oleh karena itu, pada tahun 1745 Pakubuwana II mengumumkan barang siapa yang dapat memadamkan perlawanan Mas Said akan diberi hadiah sebidang tanah di Sukowati (di wilayah Sragen sekarang). Mendengar adanya sayembara itu, Pangeran Mangkubumi (adik dari Pakubuwana II) ingin mencoba sekaligus menakar seberapa jauh komitmen dan kejujuran Pakubuwana II. Pangeran Mangkubumi dan para pengikutnya berhasil memadamkan perlawanan Mas Said. Namun setelah mampu meredam perlawanan RM Said, Mangkubumi dikecewakan dengan pelanggaran janji Pakubuwono II yang telah dihasut oleh VOC sebelumnya. VOC menganggap hadiah tanah seluas 3.000 hektar terlalu berlebihan dan menyuruh Pakubuwono II untuk menyerahkan hanya 1000 hektar kepada Mangkubumi. Peristiwa pengingkaran janji dan tindakan semena-mena Pakubuwono serta VOC menyebabkan Mangkubumi berbalik arah melawan mereka. Mangkubumi bergabung dengan perlawanan Raden Mas Said pada 1746. Baca juga: Perang Melawan Kolonialisme Dan Imperialisme: Perlawanan Gowa-Tallo Makassar Terhadap VOC Mangkubumi dan Mas Said sepakat untuk membagi wilayah perjuangan. Raden Mas Said bergerak di bagian timur, Daerah Surakarta ke selatan terus ke Madiun, Ponorogo dengan pusatnya Sukowati. Sedangkan Mangkubumi konsentrasi dibagian barat Surakarta terus ke barat dengan pusat di Hutan Beringin dan Desa Pacetokan, dekat Pleret (termasuk daerah Yogyakarta sekarang). Diberitakan pada saat itu Pangeran Mangkubumi membawahi sejumlah 13.000 prajurit, termasuk 2.500 prajurit kavaleri. Perlawanan Mangkubumi dan RM Said meluas di seluruh wilayah Mataram hingga Jawa Timur dan Jawa Tengah. Mereka mampu memenangkan pertempuran di Juwana, Grobogan dan sempat membakar sejujlah rumah dan mengancam keraton. Akhir perlawanan Raden Mas Said dan Pangeran Mangkubumi Perlawanan Pangeran Mangkubumi berakhir setelah tercapai Perjanjian Giyanti pada tanggal 13 Februari 1755. Isi dari perjanjian Giyanti mengatur tentang pembagian wilayah dan kedudukan Mataram menjadi 2, yaitu Kasunanan dan Kasultanan. Mangkubumi memperoleh gelar Sultan dan memerintah wilayah Kasultanan Yogyakarta, sedangkan Kasunanan Surakarta tetap dipimpin oleh Pakubuwono. Sementara perlawanan Mas Said berakhir setelah tercapai Perjanjian Salatiga pada tanggal 17 Maret 1757 yang isinya Mas Said diangkat sebagai penguasa di sebagian wilayah Surakarta dengan gelar Pangeran Adipati Arya Mangkunegara I.
